Si bien la tortura fue usada con frecuencia para arrancar de su error al hereje, también es cierto que esto sólo se hacía como último recurso cuando la obstinación del preso no daba lugar a arrepentimiento.

En este sentido las inquisiciones no fueron particularmente imaginativas y tampoco fueron especialmente crueles, sino que se limitaron por lo general a adoptar los tipos de tortura usados con mayor frecuencia en los tribunales civiles que sí se caracterizaban por su extrema crueldad.

Con frecuencia el acusado era colocado in conspectu tormentorum con la convicción de que la vista de los instrumentos de tortura bastara para provocar la confesión.

Las confesiones obtenidas mediante tortura jamás eran tenidas como válidas, por la coacción empleada para obtenerlas. Por esta razón el acusado debía ratificar su confesión venticuatro horas después de acabada la tortura. Como las reglas impedían que un acusado fuera torturado más de una vez, lo normal es que las sesiones no se acabaran sino que simplemente se suspendían, sirviendo esto como una amenaza para continuar con los tormentos.

Las sesiones de tortura, aún siendo espantosas, distan mucho de las escenas a menudo descritas y atribuidas a la Inquisición. Según los registros notariales, muy pormenorizados, realizados durante todo el proceso se puede deducir que menos de un 32% de los acusados fueron realmente torturados. Claro que la situación de los acusados no puede calificarse precisamente como cómoda ya que debido a la naturaleza del proceso inquisitorial el acusado era tenido como culpable desde el primer momento siendo la obligación del acusado demostrar su inocencia.